Auch die Debian-Community will sich angesichts der Corona-Pandemie nützlich machen. Anfang April  findet ein so genannter Covid-19 Biohackathon statt.

Ziel dieser Übung sei es, freie Software aus dem Medizinbereich, die dazugehörigen Werkzeuge und Bibliotheken, zu verbessern. Laut Ankündigung dauert der Biohackathon eine ganze Woche, vom 5. bis zum 11. April 2020. Teilnehmen sollen nicht nur Hacker, sondern auch Freiwillige, die sich um die Dokumentation kümmern, um Übersetzungen, Paketierung oder die Fehlersuche.

Ein wenig Vorarbeit hat das Team vom Debian-Med-Projekt laut den Projektsprechern Andreas Tille und Michael R. Crusoe bereits geleistet. So gibt es eine Sammlung von Covid-19-Bugs und von Software-Paketen, die zu dieser Thematik passen.

Personelle Engpässe

Zugleich wird darum gebeten, freundlich mit den selbst für Open-Source-Verhältnisse wenigen Betreuern der medizinischen Pakete umzugehen. Pull Requests zu stellen und offene Probleme zu untersuchen sei in der Regel hilfreicher als Kritik an ihrem Programmierstil zu üben. Es könne zudem etwas dauern, bis die sehr ausgelasteten Maintainer dazu kommen, die einzelnen Code-Beiträge zu begutachten.

Technisch sei AMD64 die bevorzugte Plattform, gefolgt von ARM64, PPC64el und s390x. Neben der Arbeit an der konkreten Software sei man auch daran interessiert, die automatischen biomedizinischen Pipelines und Workflows auszubauen, die unter dem Tag [robust-workflows] zu finden sind. Hierbei komme als Standard die Common Workflow Language zum Einsatz, von der es bereits eine Referenzimplementierung in Python gebe, die aber noch einige offene Baustellen mitbringe. Offizielle Anlaufstelle für den Hackathon ist ein entsprechendes Repository.