Die neue Release verzichtet auf HTML-Frames. Sie zeigt in der Navigationsspalte eine aufklappbare Baumansicht von Datenbanken und Tabellen, die mit Hilfe von Javascript umgesetzt ist. Daneben behebt die neue Version zwei Sicherheitslücken und zahlreiche Bugs. In der Konfigurationsdatei sind nun auch IPv6-Ranges und IPv6-CIDR-Adressen erlaubt. Die Importfunktion kann jetzt auch Mediawiki-Daten einlesen, die Unterstützung für das nicht mehr verwendete Format DocSQL dagegen ist entfallen. Weitere Details sind im Changelog aufgelistet.

Phpmyadmin ist unter GPLv2 lizenziert. Version 4.0.0 steht als PHP-Tarball zum Download bereit. Die öffentliche Demo-Installation vermittelt einen Eindruck der neuen Oberfläche.