In der neuen Version 6.1 unterstützt Truecrypt die Authentifizierung mittels Security-Tokens und Smartcard. Es handelt sich dabei um hardwarebasierter Speichermedien, welche eine extra Authentifizierung, etwa über eine PIN oder einen Fingerabdruck erfordern.

Eine Neuerung in den Versionen für Linux und Mac erlaubt das Mounten verschlüsselter Windows-Systempartitionen.

Nutzern von Windows Windows Vista- und 2008 ermöglicht Truecrypt das Verschlüsseln von Partitionen, ohne die darauf befindlichen Daten zu löschen. Nach wie vor bleiben auch viele andere Funktionen des Tools, etwa das Verschlüsseln der Systempartition, Windows-Anwendern vorbehalten.

Für Linux stehen auf der Webseite jeweils eine 32- und 64-Bit-Version für Ubuntu und Opensuse sowie der Quellcode zum Download bereit.
Eine Liste aller Neuerungen finden sich in der Versionsübersicht von Truecrypt.