Open Source im professionellen Einsatz

Praktischer Erfolg

Im Experiment hat sich tatsächlich eine Wirkung gezeigt, die zwar schwächer war als erwartet, aber dennoch weitere Untersuchungen in dieser Richtung rechtfertigt. Jetzt geht es der Arbeitsgruppe vor allem darum, die Ugi-Reaktion so zu optimieren, dass die Produkte sofort in fester Form anfallen. Da immer an ganzen Substanzklassen ähnlicher Produkte, so genannten Libraries, geforscht wird, es also sehr viele mögliche Endprodukte und Ausgangsstoffe gibt, ist es nötig, Voraussagen über die Löslichkeiten zu treffen. Experimentelle Daten existieren kaum, also ergibt sich ein typisches QSAR-Problem. Mit Hilfe des CDK und der freien Statistiksoftware R [17] sucht Rajarshi Guha an der Universität Indiana zusammen mit anderen Wissenschaftlern auf chemoinformatischem Weg nach dessen Lösung (mhu).

Infos

[1] Open Notebook Science: [http://en.wikipedia.org/wiki/Open_notebook_science]

[2] CDK-Projektseite: [http://sourceforge.net/projects/cdk]

[3] CDK im Linux-Magazin 08/01: [http://www.linux-magazin.de/heft_abo/ausgaben/2001/08/brave_gnu_world]

[4] Pubchem-Datenbanken: [http://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/]

[5] QSAR-Deskriptoren mit Beschreibung: [http://qsar.sourceforge.net/dicts/qsar-descriptors/index.xhtml]

[6] Überblick über die CDK-Klassen: [http://pele.farmbio.uu.se/nightly/keywords.html]

[7] Bioclipse-CDK-Plugin: [http://wiki.bioclipse.net/index.php?title=CDK_plugin]

[8] Python-Interface für CDK und andere Chemiesoftware: [http://code.google.com/p/cinfony/]

[9] Ruby-CDK:[http://rubyforge.org/projects/rcdk]

[10] REST-Services mit CDK: [http://rest.rguha.net/]

[11] Taverna-Workflowsystem: [http://taverna.sourceforge.net/]

[12] Thomas Kuhns Dissertation über CDK-Taverna: [http://kups.ub.uni-koeln.de/volltexte/2009/2660/pdf/ThomasKuhnThesisFinal.pdf]

[13] Taverna-Workflows auf Myexperiment [http://www.myexperiment.org]

[14] Groovy-Download: [http://groovy.codehaus.org/Download]

[15] Groovy-Beispielprogramme für das CDK [http://pele.farmbio.uu.se/groovy/]

[16] Malaria Research in Second Life [http://usefulchem.wikispaces.com/SLchemPaper]

[17] Gerrit Eichner, Volker Schmitt, "R wie Rechenriese": Linux-Magazin 09/08, S. 40

[18] Chemoinformatik-Blog von E. Willighagen: [http://chem-bla-ics.blogspot.com/]

Der Autor

Ulrich Wolf ist Diplomchemiker, er arbeitet als freier Journalist und berät Unternehmen beim Einsatz von Open-Source-Software.

Diesen Artikel als PDF kaufen

Express-Kauf als PDF

Umfang: 5 Heftseiten

Preis € 0,99
(inkl. 19% MwSt.)

Als digitales Abo

Als PDF im Abo bestellen

comments powered by Disqus

Ausgabe 07/2013

Preis € 6,40

Insecurity Bulletin

Insecurity Bulletin

Im Insecurity Bulletin widmet sich Mark Vogelsberger aktuellen Sicherheitslücken sowie Hintergründen und Security-Grundlagen. mehr...

Linux-Magazin auf Facebook